Eleito em 2005, o Papa Bento XVI ocupou o posto mais alto da Igreja Católica até 2013, quando renunciou ao cargo. Em oito anos de papado, Bento XVI ficou marcado por algumas polêmicas, como declarações polêmicas sobre os muçulmanos dadas em 2006. Na ocasião, o pontífice dava uma aula na Universidade de Regensburg, na Alemanha, quando fez uma declaração que revoltou o mundo islâmico. Citando uma conversa do imperador bizantino Manuel II Paleólogo com um persiano, Bento disse “Mostra-me também o que trouxe de novo Maomé, e encontrarás apenas coisas más e desumanas, tais como a sua norma de propagar, através da espada, a fé que pregava”. A declaração não foi bem recebida pelos muçulmanos e afetou definitivamente a relação com o Islã durante o seu papado. Após a repercussão negativa, Bento XVI tentou se explicar, dizendo que não se tratava de uma posição pessoal. “Essa citação foi entendida, infelizmente, como expressão da minha posição pessoal, suscitando, assim, uma compreensível indignação. Espero que o leitor do meu texto possa entender imediatamente que essa frase não exprime a minha avaliação pessoal frente ao Alcorão, para o qual tenho o respeito que é devido ao livro sacro de uma grande religião”, afirmou.
Em 2012, Bento XVI lidou com outra polêmica quando documentos confidenciais do Papa e do Vaticano foram vazados para a imprensa, no caso que ficou conhecido como ‘Vatileaks‘. Os documentos revelaram disputas de poder dentro da igreja, corrupção e especulações sobre a morte do Papa. Parte dos documentos mostravam desvios e falhas no banco do Vaticano. O mordomo do Papa, Paolo Gabriele, foi o responsável por roubar os itens e foi julgado em 2012, sendo perdoado por Bento. Ao menos 20 pessoas se envolveram no escândalo, que envolviam questões financeiras, sexuais e comportamentos tidos coo imorais. Outras fases do ‘Vatileaks’ se desenrolaram durante o papado de Francisco. Na época, Bento XVI disse ter ficado com “tristeza no coração”, mas que confiava em seus colaboradores.
Outra polêmica que explodiu durante o papado de Bento XVI foi a dos abusos sexuais cometidos por membros do clero. Vários casos de décadas passadas vieram à tona durante seu pontificado. Entre eles, estão o do padre Marcial Maciel, que tinha amantes, usava drogas e teria abusado de mais de 100 pessoas e sua vida. Ele foi afastado por Bento XVI, mas nenhuma outra punição foi aplicada. Anos depois, após os escândalos de abusos na Irlanda, Bento XVI foi o primeiro Papa a pedir perdão pelo problema classificado por ele como “sistêmico” de abuso de menores. Em 2011, ele solicitou que os bispos seguissem diretrizes unificadas para investigar suspeitas e fundou um centro de estudos na Pontifícia Universidade Gregoriana, em Roma. Ao fim de seu papado, quase 400 sacerdotes que abusaram de pessoas haviam sido removidos da igreja.