Em 1964 ela entrou em um grupo de rock chamado Six Sided Rockers que, depois de algumas mudanças de formações e de nomes, deu origem aos Mutantes em 1966.O grupo foi formado inicialmente por Rita Lee, Arnaldo Baptista e Sérgio Dias.?
Eles foram fundamentais no tropicalismo, ao unir a psicodelia aos ritmos locais, e se tornaram o grupo brasileiro com maior reconhecimento entre músicos de rock do mundo, idolatrados por Kurt Cobain, David Byrne, Jack White, Beck e outros.
O trio acompanhou Gilberto Gil em "Domingo no parque" no 3º Festival de Música Popular Brasileira da Record, em 1967, e Caetano Veloso em "É proibido proibir" no 3º Festival Internacional da Canção, da Globo em 1968, dois marcos da tropicália.
Os Mutantes também participaram do álbum "Tropicália ou Panis et Circensis", de 1968, a gravação fundamental do movimento.?
Ela fez parte dos Mutantes no período mais relevante e criativo da banda, de 1966 a 1972. Gravou "Os Mutantes" (68), "Mutantes" (69), "A Divina Comédia ou Ando Meio Desligado" (70), "Jardim Elétrico" (71) e "Mutantes e Seus Cometas no País dos Bauretz" (72).
O fim do relacionamento com Arnaldo Baptista coincidiu com a saída dela dos Mutantes. O primeiro álbum solo foi "Build up", ainda antes de deixar a banda, em 1970. Ela também lançou "Hoje é o Primeiro Dia do Resto da Sua Vida", em 1972, ainda gravado com o grupo.
A carreira pós-Mutantes tomou forma com o grupo Tutti Frutti, no qual ela gravou cinco álbuns, com destaque para "Fruto proibido", de 1975, que tinha a música "Agora só falta você".
A partir de 1979, ela começou a trabalhar em parceria com o marido Roberto de Carvalho, e se firmou de vez?na carreira solo. Ela escreveu e gravou canções de pop-rock com grande sucesso.
Um dos álbuns mais bem sucedidos foi "Rita Lee", de 1979, com "Mania de Você", "Chega mais" e "Doce Vampiro". No disco de mesmo título do ano seguinte, ela segue na direção mais pop e faz ainda mais sucesso com "Lança perfume" e "Baila comigo".?
Ela era uma roqueira popular antes e depois de o gênero se tornar um fenômeno comercial no Brasil em meados dos anos 80. Entre os álbuns de destaque estiveram "Saúde" (1981) e "Rita e Roberto" (1985), com o qual os dois subiram ao palco do primeiro Rock in Rio.?