Com mais de duas décadas em tramitação no Parlamento, o texto já tinha sido aprovado pelos senadores, que voltaram a analisar o texto depois de alterações feitas pela Câmara dos Deputados.
O tema foi alvo de divergências entre ruralistas e ambientalistas durante a tramitação. Para os ambientalistas, o projeto flexibiliza a liberação dos produtos, colocando em risco a saúde humana e o meio ambiente. Na avaliação dos ruralistas, a proposta moderniza a legislação com base em práticas internacionais.Relator do tema, o senador Fabiano Contarato (PT-ES) negociou com os dois lados e rejeitou mudanças feitas pelos deputados federais, consideradas polêmicas. Segundo ele, o texto levado ao Plenário atende à necessidade de atualização das regras diante do atual desenvolvimento das tecnologias, que "evoluíram de forma significativa pela incorporação de novos conhecimentos, tecnologias, processos e instrumentos".
Com as novas normas, caberá ao Ministério da Agricultura registrar os agrotóxicos no país. O Ministério do Meio Ambiente ficará com a tarefa de coordenar os registros de produtos de controle ambiental. A pasta da Saúde irá apoiar tecnicamente os processos. Na proposta da Câmara dos Deputados, o poder decisório ficava restrito à Agricultura.
O prazo máximo para registro (inclusão e alteração) de produtos será de 24 meses. Atualmente, há uma espera de até dez anos, segundo agricultores. Há possibilidade de concessão de uma licença temporária, desde que avaliação seja concluída em 30 dias.
O projeto traz pena de três a nove anos de reclusão para quem produzir, armazenar, transportar, importar, utilizar ou comercializar pesticidas, produtos de controle ambiental não autorizados no país.