Pelo novo acordo, ambas as partes se comprometeram a realizar o compartilhamento da gestão da ilha, preservando o meio ambiente e o uso ordenado do solo.
As regras preveem que não poderá ocorrer a ampliação do perímetro urbano e construções irregulares deverão ser coibidas e demolidas se estiverem em desconformidade com as normas ambientais do arquipélago.
A gestão de Fernando de Noronha passou a ser questionada no STF após o governo do ex-presidente Jair Bolsonaro pedir que o território fosse declarado domínio da União pelo suposto descumprimento do acordo de compartilhamento firmado em 2002. As alegações sempre foram contestadas pelo governo de Pernambuco. Desde 1988, a ilha pertence ao governo estadual.